W 1919 r. powstała w Międzyrzecu Siedmioklasowa Publiczna Szkoła Powszechna im. Stanisława Konarskiego.

17 października 1925 roku ksiądz biskup Henryk Przeździecki poświęcił nowy budynek szkolny przy ul. Warszawskiej 40. W 1933 roku zdecydowano się na podział szkoły.

Szkoła Nr 1 zajmowała suterenę i parter, Szkoła Nr 2 I i II piętro. Publiczna Szkoła Powszechna Nr 2 zatrudniała w okresie międzywojennym aż kilkunastu nauczycieli i uzyskała najwyższy stopień organizacyjny - III. Podlegała pod Okręg Szkolny Lubelski, a jej pierwszym kierownikiem był Stanisław Machowski-słynny legionista piłsudczykowski. Po dwóch latach stanowisko to objął Aleksander Szubert, pełniąc je również w okresie okupacji.

Miejscowości należące do rejonu (obwodu) szkoły to: Międzyrzec i Zadworne. Przyjmowani byli też uczniowie ze szkół w Misiach, Jelnicy, Przychodach, Tłuśćcu i Rogoźnicy. Do „dwójki” przyjmowani byli uczniowie zarówno wyznania rzymsko-katolickiego jak i mojżeszowego. Liczba w szkole dzieci wzrosła przed wybuchem drugiej wojny światowej do prawie 900.

W szkole działała Państwowa Komisja Egzaminów Nadzwyczajnych w Szkołach Powszechnych, wydająca świadectwa ukończenia publicznej szkoły powszechnej trzeciego stopnia. W szkole istniało wiele różnych organizacji tj: Koło Spółdzielcze, Spółdzielnia Uczniowska, Szkolna Kasa Oszczędności, Samorząd Szkolny, drużyna zuchów, harcerze, chór.

Ponieważ nie spotykamy się nigdzie z funkcjonowaniem „imienia” szkoły, należy przypuszczać, że sztandar, z którym uczniowie udawali się na różne uroczystości religijne i państwowe, przedstawia św. Stanisława Kostkę jako patrona młodzieży.

Zaledwie 6 lat szkoła funkcjonowała w normalnych warunkach. W 1939 roku Międzyrzec znalazł się na terytorium Generalnej Guberni, a dzieci i nauczyciele doświadczyli szybko polityki okupanta. Budynek, w którym mieściły się szkoły powszechne, zajęły wojska niemieckie, mimo to obie funkcjonowały przez cały okres wojny. Szkoła Nr 2 znalazła schronienie m.in. w domu p. Stecińskiego, który znajdował się na terenie zajmowanym obecnie przez ZSZ oraz w budynkach: dzisiejszego Banku SA na ulicy Lubelskiej 27, Szczecinarni na ulicy Brzeskiej 44, na ulicy Staromiejskiej 26 i 30, Warszawskiej 12 i Łukowskiej 7.

Przedmioty takie jak język polski, historia czy geografia uczone były według tzw. „sterów”, były to broszurki przygotowane przez Niemców z odpowiednim nastawieniem politycznym. Jeśli tylko było możliwe, pod byle pretekstem usuwano nauczycieli Polaków zastępując ich folksdojczami lub przesiedleńcami z ziem wcielonych do Rzeszy. Nie były to dla nauczycieli Szkoły Nr 2 zwykłe zwolnienia z pracy. Franciszka Zychowicza, Wacława Janickiego, Stanisława Czopińskiego czy Zygmunta Górskiego czekał obóz koncentracyjny, innych przesłuchanie i represje. Aresztowanie Zygmunta Górskiego utkwiło w pamięci jego uczniów, gdyż stało się to, podczas prowadzenia przez niego lekcji.

W tych trudnych czasach uczniami naszej szkoły dwie znane nam z ekranu telewizyjnego osoby: piosenkarka Sława Przybylska oraz słynny „Zbyszko z Bogdańca” czyli Mieczysław Kalenik.

Od 15 października 1944 roku pełnienie obowiązków kierownika Publicznej Szkoły Powszechnej III stopnia Nr 2 powierzono Włodzimierzowi Furmanowi. Dotychczasowy jej kierownik 13 sierpnia 1944 roku na sesji Miejskiej Rady Narodowej wybrany został burmistrzem miasta. Od roku szkolnego 1945/46 obowiązywał nowy obwód szkolny: Międzyrzec miasto (część), Przedmieście - Stołpno, Zadworne - Folwark. Szkoła jest „pełna (nie zbiorcza)” i koedukacyjna. Dzieci uczą się dwóch języków obcych: francuskiego i niemieckiego.

Wiosną 1947 r. kierownikiem szkoły zostaje Alfons Krasnodębski. Pod koniec lat 40-tych następują częste zmiany nazwy szkoły i czasu trwania nauki, np. w roku szkolnym 1947/1948 było 8 klas, po roku powrócono do siedmiolatki, w latach 1948-1951 nazwa brzmiała - Szkoła Ogólnokształcąca Stopnia Podstawowego Nr 2, a od następnego roku - Szkoła Podstawowa Nr 2. Do programu nauczania wprowadzono obowiązkową naukę języka rosyjskiego. 1 września 1950 roku kierownikiem szkoły zostaje Edward Bobruk (nominacja Wydziału Oświaty PRN w Radzyniu Podlaskim).

Solą w oku nauczycieli i kierownictwa są stale pogarszające się warunki nauczania. Szkoła mimo zagospodarowania poddasza nie może pomieścić zwiększającej się wciąż liczby uczniów. Przez pewien czas działa na Stołpnie dwuklasowa filia szkoły, co jednak nie rozwiązuje problemu. Dlatego wszystkie starania kierownictwa, rady pedagogicznej i rodziców idą w kierunku budowy nowego budynku. 18 grudnia 1957 roku powołano Komitet Organizacyjny Budowy Szkoły z przewodniczącym Prezydium Miejskiej Rady Narodowej p. Piotrem Stefaniukiem na czele. 28 grudnia 1958 roku plac PGR-u przy ulicy Partyzantów stał się własnością komitetu, a w lipcu 1959 roku otrzymano już dokumentację budowy wg projektu inż. Witolda Stempińskiego. Koszty tej inwestycji pokrywało całe społeczeństwo Międzyrzeca Podlaskiego, opodatkowano zakłady pracy, organizowano czyny społeczne, zbiórki pieniędzy dokonywali nauczyciele i Komitet Rodzicielski.

12 października 1962 roku obiekt wraz z podstawowym wyposażeniem został przekazany do użytku. Była to 60-ta „tysiąclatka” wybudowana w województwie lubelskim, a 412-ta w Polsce. Koszt budowy wyniósł ponad 8 mln złotych, z czego ok. 780 tys. złotych wnieśli mieszkańcy Międzyrzeca. Jak na ówczesne warunki była to placówka okazała i przestronna. Znajdowało się w niej 15 izb lekcyjnych, sala gimnastyczna, biblioteka, świetlica, pokój nauczycielski, kancelaria, gabinety: lekarski i stomatologiczny. Szkołę wyposażono też w radiolę, telewizor, pianino i magnetofon. Do szkoły uczęszczało 783 uczniów, a kadrę pedagogiczną stanowiło 20 nauczycieli oraz kierownik  Edward Bobruk. 2 lata później 12 października 1964 roku szkoła otrzymała imię Marcelego Nowotki oraz sztandar ufundowany ze składek Komitetu Rodzicielskiego, zakładów pracy i instytucji Międzyrzeca Podlaskiego. 25 kwietnia 1967 roku w szkole odsłonięto tablicę pamiątkową poświęconą patronowi szkoły.

Od roku szkolnego 1965/66 powstały klasy specjalne dla dzieci umysłowo upośledzonych. Pierwszym nauczycielem był Jan Szmydtko. Istniała też w tym budynku Szkoła Wieczorowa dla Pracujących, zorganizowano Kurs Ogólnokształcący ukończenia klasy VII dla pracowników tutejszych zakładów pracy oraz tzw. klasa cygańska. Prężnie działa świetlica szkolna z dożywaniem, zespół taneczny, recytatorski i kółko modelarskie. W roku szkolnym 1966/67 szkoła rozpoczęła realizację nowego programu nauczania opartego na 8-letnim cyklu kształcenia. 15 września 1966 roku powstaje przy szkole Szczep Harcerski „Ogniwo” składający się z 4 drużyn harcerskich i 4 drużyn zuchowych. W roku 1967 liczba dzieci w szkole przekroczyła tysiąc, co spowodowało konieczność pracy na trzy zmiany. Od 1 września 1972 roku w szkole pojawiło się stanowisko dyrektora. Był to też ostatni rok pracy wielce zasłużonego dla tej szkoły jej kierownika i pierwszego dyrektora mgr Edwarda Bobruka.

Od roku szkolnego 1973/74 Zbiorczą Szkołą Gminą dla Gminy Międzyrzec stała się Szkoła Podstawowa Nr 2 im. Marcelego Nowotki, gdyż tylko ta szkoła spełniała wymagane warunki: odpowiednio przygotowana kadra pedagogiczna, zabezpieczenie lokalowe i wyposażenie. W jej skład weszły Szkoły Podstawowe w: Krzewicy, Rudnikach, Rzeczycy, Misiach, Rogoźnicy, Tłuśćcu, Maniach, Krzymoszycach, Kożuszkach, Halasach i Jelnicy. Gminnym Dyrektorem Szkół został mgr Lucjan Bernat.

W roku szkolnym 1978/79 odbyła się próba wcielenia w życie reformy oświatowej, przekształcającej dotychczasowe 8-letnie szkoły podstawowej w powszechne 10-klasowe szkoły średnie. Z realizacji tego programu wkrótce jednak zrezygnowano. Z dniem 31 sierpnia 1984 roku zlikwidowano stanowisko „Gminny Dyrektor Szkoły”. Dotychczasowa Zbiorcza Szkoła Gminna zmieniła swoją nazwę na Zbiorcza Szkoła Podstawowa Nr 2 im. Marcelego Nowotki w Międzyrzecu Podlaskim. Do szkoły uczęszczali uczniowie od klas IV z miejscowości: Bereza, Rudniki, Wysokie i Sitno. Od 1 stycznia 1985 roku powołany został Miejski Inspektor Oświaty, a szkoła znowu zmieniła nazwę na: Szkoła Podstawowa Nr 2 im. Marcelego Nowotki w Międzyrzecu Podlaskim. Od roku 1975 do 13 lipca 1989 roku (do nagłej śmierci) funkcję dyrektora szkoły pełnił mgr Józef Borowik.

W latach 1989-1992 dyrektorem szkoły był mgr Artur Łukasik. W tym czasie w szkolnictwie nastąpiły duże zmiany. Do szkół wróciła religia. Kuratorium Oświaty w Białej Podlaskiej zatwierdziło decyzję Rady Pedagogicznej o rezygnacji z dotychczasowego patrona szkoły, w szkole powstaje pierwsza klasa autorska o profilu matematyczno-fizycznym, tworzone są klasy o rozszerzonym programie z wychowania fizycznego, powstaje jako jedna z pierwszych w województwie bialskopodlaskim w szkole podstawowej pracownia komputerowa (komputery zakupiono z funduszy Komitetu Rodzicielskiego i niewielkiej dotacji Kuratorium Oświaty), rozpoczęto naukę języka angielskiego.

Od 1 września 1992 roku dyrektorem szkoły jest mgr Zbigniew Kot (od 1 stycznia 1999 r. wiceburmistrz miasta). Od tego roku szkolnego nauczyciele i uczniowie mają wszystkie wolne soboty.

Lata 90-te XX wieku to systematyczna modernizacja i remont budynku szkoły oraz zaopatrzenie w nowoczesne techniczne środki nauczania. Z inicjatywy p. Mariana Olesiejuka – rodzica i radnego Rady Miasta - rozpoczęto starania w sprawie budowy hali sportowej.

W marcu 1993 roku miała miejsce pierwsza od 1925 roku wizyta w Szkole Podstawowej Nr 2 księdza dr Jana Mazura - biskupa diecezji siedleckiej.

1 stycznia 1994 roku jako zadania własne Gmina Miejska w Międzyrzecu Podlaskim przejęła prowadzenie szkół podstawowych.

27 kwietnia 1994 roku Rada Miejska na wniosek Rady Pedagogicznej, Samorządu Uczniowskiego i Komitetu Rodzicielskiego podjęła uchwałę o nadaniu Szkole Podstawowej Nr 2 w Międzyrzecu Podlaskim imienia Bolesława Prusa.

1 stycznia 1999 roku dyrektorem szkoły zostaje mgr Krystyna Augustyniuk. Rozpoczynają się przygotowania do wdrażania reformy oświaty. Od 1 września 1999 roku 8-klasowa szkoła podstawowa staje się Publiczną Sześcioletnią Szkołą Podstawową.

Omawiając dzień dzisiejszy szkoły należałoby wspomnieć o jej generalnym remoncie radiofonizacji, pracowni komputerowej, klasach autorskich, utworzenie szkolnej gazetki, prężnie działających zespołach sportowych, kółkach przedmiotowych czy wysokich osiągnięciach w zawodach i konkursach. Istotne jest w niej przede wszystkim kształtowanie postawy moralnej uczniów. Dlatego tak ważna była dla wszystkich wizyta w szkole księdza biskupa Henryka Tomasika, która miała miejsce 12 maja 2003 roku.

W XXI wiek weszliśmy z konkretnymi planami wszechstronnego rozwoju placówki: szkoła posiada Certyfikat Wojewódzkiej Sieci Szkół Promujących Zdrowie, rozpoczęliśmy udział w programie „Polska Szkoła w Unii Europejskiej”, w czerwcu 2003 roku Rada Miasta podjęła uchwałę o budowie hali sportowej - 10 września 2003 roku firma budowlana weszła na plac budowy, a 4 października wmurowany został kamień węgielny. Działo się to podczas szczególnej dla szkoły uroczystości. Placówka obchodziła bowiem swoje 70-lecie. Mszę Świętą na boisku szkolnym odprawił ksiądz infułat Kazimierz  Korszniewicz. Uroczystość zaszczyciło swoją obecnością wielu gości.

Rok szkolny 2004/2005 przyniósł szkole 3 bardzo ważne wydarzenia, które szerzej otworzyły ją na świat i podniosły bezpieczeństwo.
Od 1 września uczniowie rozpoczęli naukę w nowej pracowni internetowej pozyskanej z Ministerstwa Edukacji Narodowej i Sportu w ramach programu "Pracownie internetowe w szkołach podstawowych".
W listopadzie 2004 r. nauczycielka języka angielskiego mgr Beata Krawiec uczestniczyła w seminarium kontaktowym w Belgii. Zawiązano tam grupę partnerską między Polską, Czechami, Austrią i Belgią, w której nasza szkoła pełniła rolę koordynatora.
Bardzo ważna dla uczniów datą był 15 stycznia 2005 r., kiedy do użytku oddano nową halę sportową.

8 sierpnia 2006 w czytelni biblioteki zainstalowano Internetowe Centrum Informacji Multimedialnej, a13 kwietnia 2007 r. w naszej szkole powstała Pracownia Internetowa Macintosh w ramach projektu "Pracownie Internetowe dla szkół", oba współfinansowane przez Europejski Fundusz Społeczny.

Rok szkolny 2007/2008 rozpoczął się zmianami. Wraz z reaktywowaniem Szkoły Podstawowej nr 1 przy ulicy Warszawskiej zmieniły się obwody szkół podstawowych; w budynku "dwójki" rozpoczęło też działalność  Gimnazjum nr 2  w Międzyrzecu Podlaskim.

6 września 2007 r. nasza szkoła była gospodarzem pierwszej Miejskiej Uroczystej Inauguracji Roku Szkolnego Obecni byli nauczyciele międzyrzeckich placówek oświatowych podległych Burmistrzowi Miasta.

17 czerwca 2008 roku w szkole zainstalowano kolejna nową pracownie komputerową w ramach programu Ministerstwa Edukacji Narodowej "Pracownie komputerowe dla szkół" współfinansowanego z Europejskiego Funduszu Społecznego.

Od 1 września 2008 r. nie ma w "dwójce" etatu wicedyrektora.

W niedzielę 23 listopada 2008 r na terenie naszej szkoły otwarto kompleks wielofunkcyjnych boisk sportowych w ramach rządowego programu „Orlik 2012 – Moje boisko”.

Poniedziałek 26 października 2009 r. wizytę w szkole złożył biskup siedlecki Zbigniew Kiernikowski. Ksiądz Biskup udzielił pedagogom wskazówek, czym powinni kierować się wychowując młode pokolenia.

Rok 2012 przyniósł wiele zmian w międzyrzeckiej oświacie. Szkoła Podstawowa nr 2 z Oddziałami Integracyjnymi i Sportowymi od 1 września, wspólnie z Gimnazjum nr 2 z Oddziałami Integracyjnymi i Sportowymi oraz Samorządowym Przedszkolem nr 4 tworzą Zespół Placówek Oświatowych Nr 2 w Międzyrzecu Podlaskim. Dyrektorem nowo powstałej jednostki organizacyjnej został mgr Grzegorz Kowalczyk, a wicedyrektorami: mgr Barbara Artecka i mgr Aldona Płudowska.

23 maja 2013 roku Szkoła Podstawowa nr 2 w Międzyrzecu Podlaskim świętowała osiemdziesięciolecie swojego istnienia. Na uroczystość przybyli zaproszeni goście, rodzice, nauczyciele i cała społeczność uczniowska. Uroczystość poprzedziła msza święta odprawiona w hali sportowej przez księży z kościoła św. Józefa: księdza prałata Tadeusza Karwowskiego i wikariusza Piotra Osińskiego. Nauczyciele emeryci otrzymali kwiaty, a obecni na spotkaniu byli dyrektorzy szkoły: Krystyna Augustyniuk, Lucjan Bernat i Artur Łukasik pamiątkowe tablice. Dyrektor wręczył ją także burmistrzowi Arturowi Grzybowi i wieloletniej nauczycielce oraz twórczyni zespołu „Sezamki” Hannie Paluszkiewicz.

W roku szkolnym  2013/2014 przygotowywano szkołę na przyjęcie 6-latków. Zmieniono meble, wyposażenie klas I-III i świetlicy.

Uczniowie z klas sportowych reprezentowali szkołę na Międzynarodowym Turnieju Piłkarskim w Kobryniu.

W 2015r zainstalowano drugą pracownię komputerową, założono szkolne koło Caritas, placówka uzyskała także członkostwo w ogólnopolskim klubie „Bezpieczna Szkoła”.

1 września 2015r wicedyrektorem została mgr Dorota  Nowosz,   a  1 września 2016r mgr Renata Tarasiuk.

W 2016r „dwójka” uzyskała  certyfikat „Szkoła przyjazna rodzinie”. By ułatwić rodzicom kontakt ze szkołą wprowadzono dziennik elektroniczny; dla rozwoju zainteresowań uczniów nauczyciele matematyki zainicjowali Międzyrzecką Ligę Matematyczną, a p. C. Woch założył zespół muzyczny. Rokrocznie powstawały klasy o profilu sportowym , w planach są również klasy językowe. W obecnym roku szkolnym w budynku szkoły działa 9- godzinny  oddział przedszkolny, rozpoczęto też opracowywanie katalogów elektronicznych w bibliotece. Budynek szkoły, z roku na rok, otacza coraz więcej zieleni.

We wrześniu 2016r,  w ramach wizytacji parafii, szkołę odwiedził  biskup  siedlecki Piotr Sawczuk, który pobłogosławił pracę uczniów i nauczycieli.

W ramach realizacji  Narodowego Programu Rozwoju Czytelnictwa biblioteka wzbogaciła się o prawie tysiąc nowych książek i ebooków.

1 września 2017 roku zgodnie z założeniami reformy oświaty rozpoczęło się przekształcanie 6-letnich szkół podstawowych w 8-letnie, powstały więc klasy  7 – sportowa  i  dwujęzyczna.

W szkole wdrożono Rządowy Program „Bezpieczna +”

            Opisując ostatnie lata działalności szkoły stwierdzić możemy, że dzisiejsza 35-osobowa kadra pedagogiczna nie zaprzepaściła dorobku ponad 80-ciu lat historii. Absolwenci szkoły zarówno ci sprzed lat 50-ciu, 30-tu czy też 5-ciu wspominają ją z jednakową sympatią, a miłe wspomnienia uczniów są przecież dla wszystkich prawdziwych pedagogów najwyższą nagrodą.

Historię szkoły opracowała: Małgorzata Pietruszka